もっとも、本制度の利用にあたっては審査があり、一筆あたり1万4千円の手数料が必要となる。
審査に要する期間は8か月程度が目安とされている。さらに、国庫帰属が認められた場合には、10年分の管理費に相当する負担金として、少なくとも20万円を30日以内に納める必要がある。
この負担金は土地の広さや条件に応じて高額となり、10アール(1,000㎡)を超えると100万円以上になるケースもある。
タダで譲ることができる制度ではない点には注意が必要だ。
固定資産税が安価な中山間地域などでは、このコストに見合わないとして、相談段階で利用を断念するケースもあるという。